Die Lithothek der Münchener Micromounter entstand in etwa zur gleichen Zeit wie der Mineralienatlas um das Jahr 2001. Grundgedanke war die Frage, was denn aus den Sammlungen der immer älter werdenden Mitglieder werden solle, wenn diese einmal nicht mehr sind. Der Gedanke, eine Sammlung könne einer Gruppe gehören und nicht einem Einzelnen, war vielen befremdlich. Nach dem Motto, „jeder darf, niemand muss mitmachen“ konnten aber genügend Gruppenmitglieder der Arbeitsgruppe Micromounter des Münchener Mineralienfreunde e.V. von der Idee überzeugt werden, dass die Fürsorge einer Gruppe mehr Sicherheit bedeutet als das Schicksal eines einzelnen Sammlers.
Im Jahr 2001 wurde damit begonnen, die Sammlungen der Mitglieder Dorothea Kulicke, Erwin Schuhbauer, Manfred Seitz und Peter Köhlen mit ihren besten Stücken in die Lithothek zu übernehmen. Dazu kamen viele Stufen von Klaus Fleck, der aus dem Mineralienhandel aussteigen wollte und seinen gesamten Bestand an Handelsware den Münchener Micromountern schenkte. Der Gedanke verbreitete sich schnell auch außerhalb der Arbeitsgruppe Micromounter und stieß auf ein positives Echo. Das vielleicht beste Beispiel hierfür ist der inzwischen verstorbene Klaus-Dieter Bausch, der eigens nach München kam, um seine Sammlung samt Photos in die Lithothek einzubringen.
Die Lithothek ist ein Erfolgsmodell, von der ersten Stunde an und bis heute. Nicht nur, dass die Sammlung stetig wächst, quantitativ und qualitativ. Im „Stufenheim“, einem Apartment, das der Arbeitsgruppe kostengünstig zur Verfügung steht, treffen sich Mitglieder der Arbeitsgruppe regelmäßig mehrmals in der Woche, um an der Sammlung zu arbeiten und soziale Kontakte zu pflegen. Heute, im Jahr 2021, umfasst die Sammlung mehr als 53.000 Stufen von über 7.000 Fundstellen weltweit. Über 400 Partner haben zum Sammlungsbestand beigetragen, zumeist als Schenkung. Über 3.580 unterschiedliche, von der IMA anerkannte Mineralarten sind vorhanden.